乾隆皇帝东巡时兴一女子夏雨荷有一段露水姻缘，并生下一个女儿夏紫薇。多年后，夏雨荷病逝。紫薇偕丫环金锁带着当年乾隆留下的信物，从江南千里迢迢到北京城去与失散多年的父亲相识。

主仆两人到京城后根本无法进宫面圣，在走投无路之际遇上了女飞贼小燕子，并结为好友。小燕子热心为她想办法混入宫，但在阴差阳错中与紫薇互换了身份，成为清宫中的“还珠格格”，而紫薇却落得一无所有，连唯一的证物都失去了。

皇上为庆贺重获爱女举行祭天酬神的仪式，仪仗队伍行经市街，正巧被紫薇、金锁看到。激动之余紫薇昏倒在地，被大学士福伦之子福尔康所救。福府在知道其身世后将她收留。

小燕子并非无义之人，只是骑虎难下，加上宫内处处不自由，朝中的争权、三宫六院的争宠，更使她对原来的自由生活怀念不已。虽然皇上和令妃对小燕子宠爱有加，却引起了皇后的反感，五阿哥永琪、福伦的二子尔康、尔泰与小燕子成了好朋友。在探明小燕子的真心后，尔康、尔泰兄弟把收留紫薇之事说出。一切真相大白，但为了安全，五人决心共守秘密。紫薇与小燕子解除了误会，与尔康的感情也日深；小燕子与永琪亦产生了情愫，四人碍于身份皆不敢表态。

小燕子将紫薇弄进宫做贴身丫头，但两人情同姊妹的感情渐渐让周围的人产生怀疑。而皇上对紫薇也有说不出的亲切感，却引起了皇后的妒意。在容嬷嬷的怂恿下，皇后竟派人将紫薇抓进寝宫内严刑拷打，又将她关进密室。小燕子发现紫薇失踪后心急如焚，尔康等夜探景仁宫，终于找到了奄奄一息的紫薇。次日，小燕子再请乾隆出马对付皇后，总算将紫薇救出，化险为夷。

藏王偕公主塞娅前来紫禁城欲向大清示威，派出武士数十人与大清武将比武，不想被尔康打得七零八落。乾隆龙心大悦。藏王为争回面子提议合婚，乾隆为稳定番邦同意将塞娅公主指婚予福尔康，福尔康与皇上据理力争，终于纸包不住火将紫薇的身世说出，至此紫薇身份大白，小燕子难逃欺君之罪。

小燕子以其口才和皇上力争，加上紫薇愿与小燕子同生共死，皇上终于软化，紫薇、尔康、小燕子、永琪这两对有情人终成眷属……
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